學校為國家教育部首批試辦七年制高等醫(yī)學教育的院校之一，是國家第一批卓越醫(yī)生教育培養(yǎng)計劃項目的試點高校。校本部普通高等教育設(shè)17個專業(yè)：基礎(chǔ)醫(yī)學(“5+2”本碩連續(xù)培養(yǎng))、臨床醫(yī)學(五年制、“5+3”一體化、專業(yè)碩士兒科學)、口腔醫(yī)學、兒科學、護理學、麻醉學、藥學、預(yù)防醫(yī)學、醫(yī)學影像學、公共事業(yè)管理、法學、生物技術(shù)、生物信息學、臨床藥學、市場營銷、衛(wèi)生監(jiān)督、生物醫(yī)學工程。

在校研究生5331人，普通本科生11704人（校本部7987人、大慶校區(qū)3717人），普通�？粕�3122人(大慶校區(qū))，留學生579人。

學校擁有一級學科博士學位授權(quán)點8個（基礎(chǔ)醫(yī)學、臨床醫(yī)學、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學、生物學、生物醫(yī)學工程、公共管理、藥學、護理學），碩士學位授權(quán)點11個；二級學科博士學位授權(quán)點63個，碩士學位授權(quán)點66個。博士后科研流動站5個，生物學、藥學博士后科研流動站為全國優(yōu)秀博士后科研流動站。擁有國家重點學科2個、國家重點培育學科1個，國家臨床重點專科建設(shè)項目33個，省級重點學科（群）21個，國際合作聯(lián)合實驗室1個，省部共建國家重點實驗室培育基地1個，省部共建教育部重點實驗室3個，衛(wèi)生部重點實驗室2個，省級重點實驗室13個，省普通高校重點實驗室11個。

2003年通過教育部七年制高等醫(yī)學教育教學評估。2004年通過國家自然科學基金委理科基礎(chǔ)科學研究和教學人才培養(yǎng)基地評估。2005年獲教育部本科教學工作水評估等優(yōu)秀成績。2006年學校作為國內(nèi)首家醫(yī)學院校參加了國際醫(yī)學教育認證試點性評估，36項辦學指標全部達到世界醫(yī)學教育聯(lián)合會（WFME）醫(yī)學教育全球標準的基本要求，其中26項指標達到高質(zhì)量標準要求，人才培養(yǎng)質(zhì)量得到了國外專家肯定。作為牽頭方成立中俄醫(yī)科大學聯(lián)盟。2015年獲批部委省共建大學�！笆�二五”以來，主編教育部、衛(wèi)生計生委“十二五”規(guī)劃教材43部。獲教育科研立項課題553項，獲國家教學成果2項；省級教學成果25項；國家實驗教學示范中心4個；國家虛擬實驗教學中心1個；教育部卓越醫(yī)生教育培養(yǎng)計劃改革試點項目3項；國家資源共享課程12門；國家視頻公開課程4門。發(fā)表教學論文757篇，其中國家級教學文章288篇，教學論文獲獎28篇；學校為“黑龍江省高等醫(yī)學教育研究基地”和臨床醫(yī)學碩士專業(yè)學位研究生培養(yǎng)模式改革試點高校。全國優(yōu)秀博士學位論文評選1人獲得提名�！笆�二五”以來，獲得各級各類科研項目7377項，作為首席科學家主持國家重點基礎(chǔ)研究發(fā)展計劃（“973”計劃）1項、國家高技術(shù)發(fā)展計劃（“863”計劃）1項、國家重點研發(fā)計劃專項2項，國家自然科學基金1068項。獲得各種獎勵770項，國家科學技術(shù)進步二等獎1項、高等學�？茖W研究優(yōu)秀成果獎（科學研究）一等獎4項、中華醫(yī)學科技一等獎1項。獲國家科研創(chuàng)新團隊1個、教育部科技創(chuàng)新團隊2個。共發(fā)表論文18264篇，其中，SCI收錄6400篇。編寫出版著作523部。擁有有效專利369件，其中發(fā)明專利153件，軟件及著作權(quán)10件。與地方政府和企業(yè)共建院士工作站2個。獲批國家級工程實驗室、工程研究中心3個、省級工程研究中心1個，省級工程技術(shù)中心2個。 學校專家、學者在國際、國家級學術(shù)團體中兼任主任委員、副主任委員、副理事長、常務(wù)理事、常務(wù)委員的專家達404個職位，擔任國際、國家級雜志主編、副主編的專家33個職位，其中有88人在多個國際、國家級學術(shù)團體中兼任副主任委員、副理事長以上職務(wù)。

主辦《中國地方病學雜志》、《國際遺傳學雜志》、《國際免疫學雜志》《哈爾濱醫(yī)科大學學報》等6種專業(yè)雜志。先后同美國、日本、加拿大、英國、澳大利亞、俄羅斯、德國、韓國等10余個國家的百余所院校和研究機構(gòu)建立了友好合作關(guān)系。

五所臨床醫(yī)學院（附屬醫(yī)院）均為三級甲等醫(yī)院、全國“百佳醫(yī)院”。2017年，實際均開放床位17972張，總診療人次8136955人次。

學校連續(xù)五次被評為全國高等院校政治工作先進集體，連續(xù)五次被命名為全國文明單位。學校注重校園文化與環(huán)境建設(shè)，科技文化型校園建設(shè)成為廣大師生的共識。校園綠樹成蔭，紅柱碧瓦間高樓聳立，仿古與現(xiàn)代風格交相輝映，彰顯了博學與高雅的校園環(huán)境。